Mimo iż przepisy Karty Nauczyciela wyraźnie wskazują, że decyzje w sprawie urlopu zdrowotnego nauczyciela podejmuje suwerennie dyrektor szkoły, to jednak w praktyce zdarza się, że organy prowadzące chcąc zaoszczędzić na kosztach zastępstw za nieobecnych nauczycieli polecają dyrektorom wydawanie decyzji odmownych i odwoływanie się od każdego orzeczenia lekarskiego o potrzebie udzielenia takiego urlopu. Taka praktyka jest jednak niezgodna z prawem, co potwierdziło Ministerstwo Edukacji Narodowej zawiadomione o przypadkach nadużycia uprawnień organów prowadzących.